药物设计平台Cresset-BMD Flare v11.0.0下载+安装激活

2026-02-26 | 标签

Cresset-BMD Flare 11 注册激活版是一个综合性的药物设计平台，它结合了基于结构和基于配体的方法，并实现协同作用。Flare 11 新增了基于人工智能的设计和辅助功能、更灵活的分子对接和计算工作流程、更完善的评分和合成指标、更强大的规模化性能，并对 FEP 和动力学工具进行了重大升级，所有这些都旨在加速分子设计和分析。

Flare 的客户通常是来自制药、生物技术、学术界及其他行业的计算化学家和药物化学家，他们将该平台视为自己的“计算工具箱”。该软件使他们能够利用多种方法仔细检查配体-蛋白复合物的细节，从而深入了解其蛋白靶点和配体系列。作为我们功能最全面的软件包，Flare 支持基于配体和基于结构的药物设计人员，帮助他们充满信心地推进先导化合物的优化。

通过仔细审查大量的候选药物并应用多种方法，可以将大量的分子精简为一个小型集合，从而只留下最优质的分子进行实验室实验。这不仅能大幅减少时间、精力和实验室资源的消耗，还能最大限度地提高后期药物开发的成功率。

Cresset-BMD Flare v11.0.0主要功能特性：

AI驱动的新分子生成：MolGenAI利用先进的REINVENT4技术<sup>1</sup>，通过预先在ChEMBL数据库中训练的生成式AI，生成新型类药分子结构。MolGenAI配备迁移学习和径向图过滤功能，可帮助您将探索重点放在感兴趣的化学空间区域。最终生成一系列经过优化的新型分子，以满足您所需的化学性质和性能标准。
枚举化合物库和数组：Flare 中的化合物库枚举基于 RDKit 方法，可以直接通过 GUI 创建中小型化合物库，大型化合物库则可将输出保存到磁盘。您可以从 150 多种常用合成化学反应中选择，枚举您的化学化合物库和数组。
配体比对：利用配体的静电和形状特性，可以比较结合在同一活性位点的不同分子，从而深入了解您的系列与其他已知抑制剂的比较情况。我们基于场的比对和评分方法是 Blaze™ 中大规模虚拟筛选和 Spark™ 中骨架跃迁成功背后的核心技术。在 Flare 中使用它来比较来自不同系列的配体，实现构效关系转移、设计定制骨架，或通过图形用户界面 (GUI) 或命令行 pyflare 可执行文件进行小规模虚拟筛选。
活性图谱™：活性图谱是 Flare 的一个组件，它是一种全新的方法，其工作方式与您自身的研究方式一致。它基于 3D 比对结构，比较每对配体，以了解哪些结构发生了变化以及这些变化如何影响活性。结果以分子周围构效关系的 3D 定性模型形式呈现。它使您能够专注于重要的构效关系信号，并识别尚未探索的区域，从而解决项目中的关键问题。
活性挖掘器™：在AR 研究中发现并理解活性和选择性的断层清晰阐明活性变化的原因，Flare 的活性挖掘器组件可帮助您快速浏览复杂的 SAR 研究，并突出显示关键的活性变化。专用视图支持对活性断层及其邻近分子进行详细研究，从而加深您的理解。您可以使用它来比较选定分子的静电、形状或蛋白质相互作用的变化，或者使用 3D 或 2D 关系进行聚类。
R基团分析：Flare中的R基团分析（RGA）基于RDKit分解方法。RGA可用于快速分析化学系列的取代模式，识别围绕共同核心的所有R基团变化。这使您能够评估它们对关键化合物性质的影响，并发现化学探索中的不足之处。

Flare基于结构的药物设计软件组件，通过对接和评分、静电互补性™、分子动力学、口袋分析和水分析（GIST 和 3D-RISM）等多种方法，基于结构的药物设计人员可以深入了解蛋白质-配体结合机制。基于我们成熟的专有配体和蛋白质静电学方法，并结合我们内部和开源研究的成果，用户能够全面理解目标结构的特征和相互作用。

利用静电学指导新分子设计：通过可视化反馈了解新分子设计的配体结合、构效关系，并对新分子设计进行排序。Flare 使用 XED 力场计算蛋白质活性位点和配体静电特性的详细图谱。相互作用势能为您提供配体-蛋白质结合基本过程的关键信息，帮助您完善新分子设计。
多种对接方式：快速便捷地对接来自不同实验方案的配体，Flare Docking 利用 Lead Finder™ 为您提供关于新分子设计的详细反馈，在虚拟筛选中实现高富集度，并带来卓越的构象预测。使用 Flare Docking，通过对多种蛋白质构象进行集成对接，轻松应对蛋白质活性位点的柔性，并选择您偏好的共价活性基团，轻松预测共价抑制剂的结合构象和相互作用。
分子动力学：研究蛋白质的构象变化并评估蛋白质-配体复合物的稳定性，蛋白质构象的动态稳定性已成为蛋白质和蛋白质-配体复合物研究的关键焦点。Flare 提供了一个专用界面，用于创建、回放和分析基于 OpenMM 的分子动力学轨迹。
值得信赖的水稳定性分析：Flare 利用 GIST 和 3D-RISM 方法，深入分析结合口袋，助您在抑制剂策略中加以利用。Flare 提供 GIST 和 3D-RISM 方法，增强您对结果的信心，并突出显示水稳定性较低的区域，无论您使用的是无配体结构还是配体结合结构，这些区域都可用于提高配体的效力和选择性。
口袋检测和分析功能：Flare 中的口袋检测和分析功能使用 fpocket，这是一种快速的蛋白质口袋检测算法，用于识别和表征蛋白质结构中的口袋和空腔。它可以应用于通过 X 射线衍射实验获得的单个蛋白质结构、通过同源建模获得的蛋白质结构，或从分子动力学模拟中获得的快照。使用该方法的 mdpocket 扩展，可以对分子动力学模拟得到的构象系综进行口袋分析，以监测口袋的开放/关闭频率和可成药性。
蛋白质-蛋白质对接（可选约束）：预测两种或多种蛋白质如何相互作用和结合，Flare 利用 JabberDock 算法捕捉蛋白质的形状、静电特性和局部动力学，为研究蛋白质-蛋白质复合物、二聚体、肽相互作用和多聚体组装提供了一种可靠的方法。如果已知蛋白质的空间取向信息，还可以应用约束来影响对接计算的结果。

Spark 在 Flare 中的应用，通过 Flare 无缝访问 Cresset 的生物等排体替代解决方案 Spark™，进一步简化您的分子设计工作流程并提高您的工作效率。

Spark™ 集成到 Flare™：在 Flare 中简化从新颖构思到全面优化的分子发现流程，通过将 Cresset 的生物等排体替代工具 Spark 集成到 Cresset 的 CADD 平台 Flare 中，提升您的构思和分子优先级排序效率。
自定义并自动化您的任务：通过创建您自己的工作流程、自动化常用任务、使用 Python 模块扩展 Flare 以及添加自定义控件，提高工作效率。
Python API 提供对 Flare 所有科学功能的全面访问，包括 RDKit™ 化学信息学工具包以及主 GUI 界面中的关键元素。您可以使用它来自动化常用任务、根据您的需求自定义界面，或开发或整合激动人心的新科学功能。