Molsoft ICM-Pro v3.9-4a许可证+安装教程

2025-12-25 | 标签

Molsoft ICM-Pro破解激活版通过提供高质量的蛋白质结构分析、建模和对接桌面软件环境来增强生物学家或化学家的能力。您可以直接访问序列和结构数据库，这使您可以：分析序列和比对、检查蛋白质结构、研究口袋和结合的配体和药物、创建表面、计算静电、进行突变、预测配体结合位点、预测蛋白质-蛋白质相互作用站点，使用交互式配体编辑器执行小分子和蛋白质-蛋白质对接并设计配体。

蛋白质结构分析。 ICM-Pro 提供到蛋白质数据库 (PDB) 的直接链接。下载结构后，您可以分析结构 – 构建 Ramachandran 图、叠加多个结构、分析距离和角度、计算接触面积和表面积、显示氢键、构建静电表面和计算配体结合口袋。
ICM 袖珍查找器。 ICM Pocket Finder 是一种识别任何蛋白质、DNA 或 RNA 结构中的配体结合位点的方法。蛋白质-配体结合位点是根据受体的范德瓦尔斯相互作用的网格电位图来识别的，并且表面是等高线。然后计算口袋的物理特性并制成表格，并提供药物相似性评分。阅读更多…
ICM 3D 交互式编辑器。交互式编辑受体结合袋内的化学物质。修改原子和基团，查看变化对配体结合能和得分的影响。重新对接并最小化配体
结晶分析工具。了解蛋白质结构的关键是全面评估 PDB 文件中包含的基础晶体学信息。例如，重要的是要了解蛋白质的完整生物单元，以确定晶体-晶体接触是否影响了结构，或者您可能想要绘制电子密度等高线以查看晶体学家在活性中看到了多少配体地点

Molsoft ICM-Pro v3.9-4a主要功能

分析分子表面：等高线构建算法可在几秒钟内计算出光滑准确的分析分子表面。这个表面可以保存为几何对象，保存为矢量化的 postscript 文件。
同源性高质量模型：ICM 在通过同源性构建精确模型方面有着出色的记录。该程序将构建框架，通过全局能量优化来动摇侧链和循环。您还可以根据局部可靠性为模型着色，以识别模型中可能存在错误的部分。ICM 还提供了一种快速且完全自动化的方法来通过同源性构建模型并从所有已知循环的数据库中提取最佳拟合循环
循环建模和蛋白质设计：ICM 用于设计两个新的 7 残基循环，并且在这两种情况下设计都是成功的。此外，在 Rik Wierenga 的实验室确定了所设计蛋白质的晶体结构后，预测的构象被证明是完全正确的（准确度为 0.5A）。使用 _loop 脚本预测循环构象，并使用 calcEnergyStrain 识别设计的应变部分。ICM 有一个从 PDB 结构编译的循环数据库。要针对数据库搜索片段并将符合者加载到会话中（例如加载到堆栈中），请使用以下命令：build loop stack rs_fragment。 display stack 命令将允许查看构象。您还可以使用 load stack a_ 命令将堆栈加载到对象中。
晶体对称性：ICM 具有生成对称相关分子和生成“生物单元”的全套命令和函数。对接两种蛋白质可靠地对接两种蛋白质仍然是一个未解决的问题。然而，已经有了相当大的进步。在某些情况下（例如 β 内酰胺酶及其蛋白质抑制剂）ICM 对接程序仅基于全局能量优化正确预测了结合几何。 ICM 将使用受体的显式原子模型和受体网格电势生成许多可能的解决方案，并通过表面侧链的显式全局优化来完善它们。尽管不能保证成功，但生成的解决方案还是很有用的，尤其是在有关绑定的任何其他信息可用的情况下。
扫描柔性配体数据库：在虚拟筛选中，灵活对接应用于数十万个单独的配体。这个版本的对接速度很快，需要准确的相对结合或排序函数来区分真正的配体和数十万个潜在的假阳性。配体采样和对接程序是真正的内部坐标对接方法与复杂的全局优化方案的结合。
准确快速的潜力和经验调整的评分功能导致了一种有效的虚拟筛选方法，其中配体是完全和持续灵活的。
交互式对接和重点库设计：ICM 允许人们直接在 3D 中绘制分子，并支持完全撤消/重做，并检查其是否适合蛋白质结合口袋。这种环境称为 3D 配体编辑器。用户手册中描述了编辑器功能。
计算静电势：ICM 结合了泊松方程的非常快速和准确的边界元解，以找到溶液中分子的静电自由能。该算法（缩写为 REBEL）可以在构象搜索期间动态使用。

Molsoft ICM-Pro v3.9-4a新增功能【点击查看】

配体 AIDE：基于人工智能设计演化的配体从头生成
最先进的神经网络位点特异性化学基团生成器
编码器：（3D 图卷积神经网络）检查根键向量周围的 3D 受体上下文，创建潜在口袋嵌入
解码器：（Molsoft Sprouts 化学图生成器神经网络架构）根据口袋嵌入生成 2D 化学结构
Gigasearch v2.0：在部分枚举的化学空间上进行超快速子结构和相似性搜索
借助 GigaSearch v2.0，您可以使用基于 0D（SMILES/SMARTS）或 2D 拓扑结构的先进子结构/相似性查询，在短短 5 到 10 秒内搜索超大型化学库。
新增了用于在大型化学空间中高效搜索子结构的 find molcart enumerate 命令
在 CombiRIDGE 中新增了对共价对接的支持
RIDGE 和 CombiRIDGE 支持 4D 网格
显著改进了基于 pKa NN 模型的互变异构体排序（模型已针对包含 delta 值的数据进行了修改）
新增了对更长残基名称 (9jcu) 的支持
GINGER 现在可以仅在 CPU 上运行

在 group column 命令中新增了中位数和众数聚合函数
改进了后台作业输出视图（无文本跳转，可进行选择等）
扭转旋转工具可显示蛋白质的轮廓
新增了 Nof( ring {ring|charge} ) 函数，用于返回 π-π 或 π-阳离子相互作用的数量。配体相互作用二维图中也添加了梨形结构
新增了基于预测扭转轮廓返回自由应变的扭转评分(torsion)函数
RIDGE模型新增了对直接SMILES(csv、tsv、cxsmiles)或SDF输入的支持
二元分类新增了MPO优化
GINGER模型改进：优化了宏环和稠合环的处理（新增了“convRing”邻域聚合模式，用于对宏环进行一维卷积）
_ginger和_confGen新增了-Cn选项，用于在设置形式电荷时切换到NN pKa模型
RIDGE模型速度提升约30%
MD轨迹分析工具（例如：配体/受体接触）的改进和新增功能
随机森林回归/分类器新增了特征重要性提取功能（权重菜单）
gigaScreen.icm现在支持以下输入：仅使用 SMILES（无 conf）。在这种情况下，GINGER 将动态应用。
2D 化学编辑器现在支持对选定的原子和键进行多项操作。
在 _combiRidge 中添加了 MEL 采样函数（-melSample 参数）。
在 _dockScan 中添加了“checkpoint=””参数，以便在作业被终止后重新启动时自动从上次位置开始。
使用 NN pKa 模型和质子化状态系统平衡，新增了 GPU 加速的形式电荷分配功能。
在绘图（`make-plot`）中添加了标签过滤器表达式，用于控制标签的可见性。
添加了 Kennard Stone 训练/测试集划分方法（工具/表格）。
在 _combiRidge 脚本中添加了 -filter 选项，以支持来自项目 .dtb 文件的“Lipinksi 风格”过滤器。
添加了 Descriptor（药效团）函数，用于基于 ph4 特征的哈希三元组生成指纹。
网格现在可以以 3D 形式显示标签/描述。
新增用于 pKa 预测的神经网络模型（MODELS.MolpKaAcid = “pKaEnsAcid”; MODELS.MolpKaBase = “pKaEnsBase”）
在 _dockScan 脚本中添加 checkpoint= 参数，以便从上次中断的位置自动恢复
在 RIDGE 中新增使用 CombiScore (VLS+RTCNN) 对前 N 个构象重新评分的功能（confsRescore= 参数）
新增简单的索引比较函数，用于对两个长度和类型相同的数组进行逐元素比较